Desain Sekuen Primer Dan Probe Quantitative Polymerase Chain Reaction Gen Spesifik RLEP Mycobacterium Leprae

Asryadin Adhin

Abstract


Kusta merupakan salah satu penyakit menular yang disebabkan oleh Mycobacterium leprae. Diagnosis infeksi penting untuk tujuan studi epidemiologis, penegakan diagnosa serta pemberian terapi pengobatan yang tepat pada pasien terinfeksi. Kusta tahap awal sulit didiagnosis hanya melalui kriteria klinis karena sensitivitas pewarnaan yang cukup rendah. Selain itu, tes serologis berdasarkan antigen M. leprae  spesifik tidak mendeteksi semua kasus klinis karena sebagian besar pasien pada tahap infeksi paucibacillary (PB) tidak memberikan tingkat respons antibodi yang signifikan. Pengembangan metode deteksi M. leprae  berbasis qPCR dengan target sekuen gen RLEP penting dilakukan sehingga dapat dijadikan alternatif metode deteksi yang lebih baik Dalam penelitian ini, desain sekuen pasangan primer dan probe menggunakan teknologi bioinformatika.

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan desain sekuen pasangan primer dan probe untuk pemeriksaan M. leprae  berbasis kuantitatif Polymerase Chain Reaction  menggunakan sekuen gen RLEP. Desain penelitian adalah deskriptif dengan jenis studi cross sectional. Data yang diperoleh dianalisis secara deskriptif.

Hasil penelitian diperoleh : primer forward : 5’-GTGCGGCCACATTGACCA-3’ ’; primer reverse : 3’-GGCTGTGCTGAAGGCGATATC-5’ ’'dengan panjang amplikon 126 pasang basa, dan sekuen probe : 5’-CGCCGACACCTCAAGGCCA-3’. Sekuen pasangan primer dan probe memenuhi syarat untuk q-PCR.

Keywords


Mycobacterium leprae Primer and Probe Gene sequence RLEP

Full Text:

PDF

References


Arliny Y. Deteksi Mycobacterium leprae Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) Pada Spesimen Hapusan Mukosa Hidung Dan Sayatan Lesi Kulit Penderita Kusta Baru. Surabaya. 2003.

Arya, M., I.S. Shergill., M. Williamson, L. Gommersall, N. Arya and HR. Patel. Basic principles of real-time quantitative PCR. Expert Rev Mol Diagn (2). 2005 : 209-219.

Bakker MI., Hatta M., Kwwenang A. Epidemiology of Leprosy Among Five Isolated Island In The Flores Sea Indonesia. Tropical Med Int Health. 2002 : 780.

Baxevanis, A.D. and B.F. Ouelette. Bioinformatics a practical guide to the analysis of genes and protein, 3rd edition. Wiley interscience, 2000 : 1-449.

Bryceson A. D. M. & Pfaltzgraff R. E.. Edinburgh: Churchill Livingstone . Leprosy, 3rd edition. Edinburgh: Churchill Livingstone. 1999 : 240, ISBN 0-443-03373-0.

Eling, D.K., Sasmito, R. Kurniawan and I. Muhimmah. Karakteristik Primer pada Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Sekuensing DNA. Seminar Nasional Informatika Medis (SNIMed) V 2014 6 Desember 2014 : 93-101.

Hewajuli, D.A. and Dharmayanti NLPI. Perkembangan teknologi reverse transcriptase Polymerase Chain Reaction dalam mendeteksi genom avian influenza. Balai Besar penelitian Veteriner, 2014 : 16-26.

Hung, J. and Z. Weng. Designing Polymerase Chain Reaction Primers Using Primer3Plus. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2016 : 821-826.

Donoghue. PCR Primer That Can Detect M. leprae in Low Levels. J. Med. Microbiol. 2001 : 177-182.

Kampke, T., M. Kieninger and M. Mecklenburg. Efficient primer design algorithms. Bioinformatics, vol. 17, no. 3. 2001 : 214–25.

Kementerian Kesehatan RI. Pusat data dan Informasi Kementerian Kesehatan RI. Jakarta. 2018.

Lorenz, T.C. Polymerase Chain Reaction : Basic protocol Plus Troubleshooting and Optimization Strategy. Journal of Visualized Experiments. 2012 : 1-15.

McMurray DN. Mycobacteria and Nocardia. In Baron S.; et al. Baron's Medical Microbiology (4th ed.). University of Texas Medical Branch. ISBN 978-0-9631172-1-2. 1996.

Murray, R. K., Granner, D. K., & Rodwell, V. W. Biokimia harper (27 ed.). Jakarta: Buku Kedokteran EGC. 2002.

Narayanan S, Deshpande U; Deshpande. Whole-Genome Sequences of Four Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis from Tamil Nadu, South India. Genome Announc. 1 (3). 2013 : 6–13.

Obraztsova OA1, Verbenko DA1, Karamova AE1, Semenova VG1, Kubanov AA1, Deryabin DG. The refinement of leprosy PCR diagnostics by the amplification of specie-specific repeated fragment of the Mycobacterium leprae genome. Klin Lab Diagn. 2018;63(8). 2018 : 511-516.

Rees RJW, Young DB. The microbiology of leprosy. Dalam : Hasting RC, editor. Leprosy. Edisi ke-2. Edinburg: Churchil Livingstone. 1994 : 49-83.

Sandri RC. & Ida Maria Foschiani & Maria Renata Sales Nogueira Costa & Sara Nader Marta & Marcos da Cunha Lopes Virmond. Early detection of M. leprae by qPCR in untreated patients and their contacts: results for nasal swab and palate mucosa scraping. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 2018.

Thermofisher. Real-time PCR handbook. Appliedbiosystem, 2016 : 2-68.

Viljoen, G.J., L.H. Nel and J.R. Crowther. Molecular Diagnostic PCR Handbook. Springer. 2005 : 1-260.

Yan Wen, Yan Xing, Lian Chao Yuan, Rong De Yang, Fu Yue Tan, Ying Zhang and Huan-Ying Li. Application of RLEP Real-Time PCR for Detection of M. leprae DNA in Paraffin-Embedded Skin Biopsy Specimens for Diagnosis of Paucibacillary Leprosy. Am. J. Trop. Med. Hyg., 90(3), 2014 : 524–529.




DOI: https://doi.org/10.32807/jambs.v7i1.159

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2020 Jurnal Analis Medika Biosains (JAMBS)

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

 


Jurnal Analis Medika Biosains (JAMBS) 2656-2456 Kampus A Poltekkes Kemenkes Mataram, Jurusan Analis Kesehatan, Jl. Praburangkasari Dasan Cermen Sandubaya Mataram.